Madrasah Tsanawiyah Al-Hidayah Desa Sungkai Kecamatan Bajubang didirikan pada tahun 1991 yang diprakarsai oleh Bapak Drs. Ali Safruddin (DA’I,), Bapak Raden Effendi, (Kepala Desa Kilangan II sekarang menjadi desa Sungkai), Bapak M. Ali Daud, Bapak Maksum, Bapak Kartijo, Bapak A. Sani, Bapak Nanang Darmawan, Bapak Mungin dan Bapak Bunyani. Proses  pembelajarannya menggunakan gedung Madrasah Ibtidaiyah  Al-Hidayah yang sekarang telah berubah nama menjadi DTA Al-Hidayah. Gedung Madrasah Ibtidaiyah yang dipakai oleh MTs Al-Hidayah Sungkai pada awalnya terletak di Dusun Suka Damai Desa Sungkai Kecamatan Bajubang Kabupaten Batang Hari dengan kondisi bangunan semi permanen, berdiding papan kayu dan berlantai semen.  Adapun alasan didirikannya MTs Al-Hidayah Desa Sungkai adalah banyaknya siswa yang telah tamat dari Sekolah Dasar tidak melanjutkan lagi dikarenakan jarak yang cukup jauh untuk mencapai ke Kecamatan atau Kabupaten karena kondisi saat itu tidak ada sekolah lanjutan selain di Kecamatan atau di Kabupaten. Pada tahun pertama berdirinya, MTs Al-Hidayah Desa Sungkai menampung murid sebanyak 25 orang. Kemudian, karena mengalami perkembangan yang positif dari waktu ke waktu, maka melalui bantuan dari pemerintah dan sumbangan dari donatur MTs Al-Hidayah Desa Sungkai mendirikan gedung baru yang terletak di RT 03 Dusun Suka Maju Desa Sungkai Kecamatan Bajubang. Gedung baru tersebut terdiri dari 3 lokal dan 1 kantor pada tanah seluas ± 2500 M² dengan kondisi bangunan berupa bangunan permanen, dinding, dan lantai sudah menggunakan beton dan lantai keramik.